Berbeda dengan museum lainnya yang ada di Bogor, museum ini akan menjadi wadah dan upaya pelestarian benda – benda bersejarah peninggalan kerajaan Pajajaran.
Gapura arau gerbang memiliki makna struktur bangunan yang merupakan pintu masuk atau gerbang menuju suatu kawasan.
Gapura juga bisa diartikan sebagai simbol gerbang menuju kawasan masa depan yang cerah, makmur, dan sukses bagi masyarakat yang tinggal di dalamnya.
Angka empat yang diapit oleh angka lima dan satu menampilkan ornamen kujang sebagai benda pusaka dan ikon Kota Bogor.
Warna pada logo HJB 2023 Kota Bogor adalah jingga atau oranye dan biru. Jingga melambangkan kehangatan dan semangat. Selain itu, warna ini juga simbol optimisme dan kemampuan dalam bersosialisasi.
Sedangkan warna biru bermakna kepercayaan, kesetiaan, ketulusan, dan kebijaksanaan, serta dapat diandalkan dan bertanggung jawab.